Bioinformatiker vid NBIS

Institutionen för biokemi och biofysik,

National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) är en stor och snabbt växande nationell infrastruktur som främjar forskning inom livsvetenskaperna i Sverige genom att tillhandahålla support, infrastruktur och avancerad utbildning inom bioinformatikområdet. NBIS utgör bioinformatikplattformen på SciLifeLab, en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna. NBIS är också den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR för biologisk information.

Vi utökar nu NBIS supportenhet med 1-2 bioinformatiker placerade på SciLifeLab i Stockholm. De personer som anställs kommer att integreras i ett team av bioininformatiker i en spännande forskningsmiljö med många möjligheter till utveckling av nya och existerande färdigheter för att hålla sig à jour med nya teknologier och andra bioinformatiska utmaningar när de uppstår.

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet. För mer information om vår verksamhet, se vår webbplats: Institutionen för biokemi och biofysik.

Arbetsuppgifter

Vi letar efter 1-2 bioinformatikexperter som primärt kommer att arbeta med analys av spatiell omikdata eller avancerade biostatistiska och maskininlärningsanalyser, men också med andra typer av analyser. Arbetet innefattar att stödja svenska forskare inom detta område, och finansieras delvis med användaravgifter från forskargrupper. Projekten man deltar i kommer att skifta i komplexitet och längd och kommer med varierande biologiska eller medicinska frågeställningar.

Ansvarsområden inkluderar att planera, initiera, utföra och rapportera analyser, kommunicera med forskargrupper samt hålla sig uppdaterad inom fältet och bidra till avancerad utbildning av svenska forskare inom bioinformatik. Regelbundna interna möten, internutbildning och avsatt tid för utveckling av egna färdigheter är en del av arbetet. Anställningen kommer att innebära ett visst mått av resande, eftersom kunskapsutbyte både inom och utanför NBIS är en viktig del av vår verksamhet för att behålla spetskompetens för analys av befintliga och nya datatyper.

Kvalifikationer

De sökande behöver uppfylla följande krav:

• Doktorsexamen inom något av följande områden: bioinformatik, molekylärbiologi, datavetenskap eller ett angränsande fält som arbetsgivaren bedömer relevant för anställningen.
• Erfarenhet av arbete (minst 3 år) med avancerad bioinformatikanalys av omikdata.
• Erfarenhet samt förmåga att genomföra och kritiskt evaluera analyser till en internationellt sett hög standard, inom ett eller båda av följande områden:
  •  Analyser av spatiell omikdata, såsom spatiell transkriptomik och proteomik. Erfarenhet  av omikdata från enskilda celler (single cell) är också önskvärt.
  •  Avancerade biostatistik eller maskininlärningsanalyser som multivariat analys,    regularisering, djupinlärning eller nätverksbaserad, Baysiansk eller  matrisfaktoriseringar för integrering av olika omikdata.
• Förmåga att, på internationellt konkurrenskraftig nivå, självständigt driva support-projekt och utföra dataanalys relaterade till omikdata.
• God förmåga i ett skriptspråk såsom R eller Python, samt att arbeta effektivt i Linux kommandoradsmiljö och på storskaliga datorkluster.
• Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift, samt förmåga att kommunicera med forskare med olika bakgrunder.

Meriterande i övrigt:

• Erfarenhet av support och undervisning inom bioinformatik.
• Postdoktoral erfarenhet.
• Starka färdigheter i experimentell design och mjukvaruutveckling.
• ”Reproducerbar forskning” och ”FAIR data” är centrala koncept för oss, och expertis i utveckling av reproducerbar kod genom användande av koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk, och container-lösningar är en stark merit. 

Stor vikt kommer att läggas på personliga egenskaper som är relevanta för anställningen såsom förmåga att driva projekt självständigt, förmåga att samarbeta och arbeta i en serviceinriktad organisation och vilja att lära sig nya metoder och utveckla nya färdigheter. Det kommer också beaktas hur väl sökandes erfarenheter och färdigheter kompletterar och stärker gruppen och den vetenskapliga expertisen inom NBIS.

Om anställningen

Anställningen gäller tills vidare på heltid med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning. Tillträde enligt överenskommelse.

Vi erbjuder

Hos oss får du dynamiken i samspelet mellan högre utbildning och forskning som gör Stockholms universitet till en spännande och kreativ miljö. Du arbetar i en internationell miljö och får förmånliga villkor. 

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av Pär Engström, par.engstrom@scilifelab.se, Co-head of Bioinformatics Support, Infrastructure & Training Unit, NBIS, SciLifeLab.

Ansökan

Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.