Doktorand i bioinformatik

Institutionen för biokemi och biofysik
SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med  avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten. 

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet.

Mer information om oss finns på: Institutionen för biokemi och biofysik.

Allmän beskrivning av DDLS programmet

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/.

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att vara en del av den förändringen? Gå då med oss i detta unika program!

Projektbeskriving 

På Institutionen för biokemi och biofysik på Stockholms Univesitet utlyser vi en doktorandanställning inom datadriven cell- och molekylärbiologi. Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som fundamentalt förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att utforska deras molekylära komponenter i tid och rum, från enstaka molekyler till naturliga vävnadsmiljöer.

Dina studier på forskarnivå inom bioinformatik kommer att bedrivas inom projektet "Kvantitativa prediktioner av protein – DNA interaktioner från högenomströmmande biofysikalisk bindningsdata".

Sekvensspecifik bindning och igenkänning mellan transkriptionsfaktorer och DNA styr genutryck på molekylär nivå. Medan strukturella förutsägelser med hjälp av djupinlärningsmetoder som AlphaFold har revolutionerat vår förståelse av sekvensberoende molekylär struktur, har vi för närvarande en mycket mer begränsad förståelse av hur den genetiska koden styr bindningshastigheter och affiniteter för interagerande molekyler. Trots betydelsen av dessa interaktioner är det fortfarande en utmaning att kvantitativt förutsäga bindning från nukleotid- eller proteinsekvenser. Emil Marklunds forskargrupp undersöker hur sekvensinformation i biologiska makromolekyler styr igenkänning, bindning och dynamisk struktur. Detta projekt syftar till att bygga prediktiva och fysikaliska bindningsmodeller av protein–DNA-interaktioner med hjälp kvantitativa biokemiska bindningsdata från hundratusentals sekvensvarianter.

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörigheten ska vara uppfylld senast sista ansökningsdag.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 hp, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 hp samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Urval

Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga. Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer.

Vi söker en doktorand med stark och dokumenterad bakgrund inom maskininlärning, djupinlärning, dataanalys och programmering. Tidigare erfarenhet av forskning och kunskap inom bioinformatik, biofysik, biokemi, molekylärbiologi eller andra relaterade ämnen inom de molekylära livsvetenskaper är fördelaktigt. Prioritet kommer att ges till kandidater med den sammantaget högsta erfarenheten inom dessa områden, men tidigare erfarenhet av alla listade ämnen är inte ett krav, och vi uppmuntrar sökande med olika bakgrunder att ansöka. Vi söker motiverade kandidater som arbetar bra i team och bidrar till en positiv arbetsmiljö. Den utvalda doktoranden kommer att ansluta till en dynamisk och tvärvetenskaplig grupp som bedriver ambitiös forskning, baserad på SciLifeLab i Stockholm, en knutpunkt för vetenskaplig forskning.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av projektledare Emil Marklund, emil.marklund@dbb.su.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.