Doktorand i bioinformatik

Institutionen för biokemi och biofysik. Institutionens lokaler ligger huvudsakligen i Arrheniuslaboratorierna tillsammans med de andra kemiinstitutionerna och andra institutioner inom naturvetenskapliga fakulteten. Vi är närmare 270 anställda, som för närvarande är verksamma vid institutionen. Forskningen är av absolut världsklass och spänner över flera stora områden.

SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med  avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten. 

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet. 

Mer information om oss finns på: Institutionen för biokemi och biofysik.

Projektbeskrivning

Projettitel: AI för multimodal biologi och mikroskopi.

Laboratoriet Computational Microscopy for Cell Biology (CMCB), lett av biträdande universitetslektor Juliette Griffié, söker en mycket motiverad doktorand för att utveckla nästa generations maskininlärnings- och generativa AI-metoder för integration av multimodala biologiska data.

Det föreslagna projektet fokuserar på att utveckla AI-strategier för integrering av komplexa biologiska dataset, med särskilt fokus på att kombinera avancerad ljusmikroskopi och sekvenseringsbaserade metoder. Forskningen kommer att undersöka hur multimodala representationsmodeller och generativ AI kan användas för att identifiera grundläggande biologiska mekanismer från storskaliga och heterogena dataset. Projektet befinner sig i gränslandet mellan artificiell intelligens, beräkningsbiologi och kvantitativ mikroskopi och riktar sig till kandidater som är entusiastiska över att tillämpa avancerade AI-metoder på biologins mest framstående forskningsfrågor.

Vi söker exceptionella kandidater med stark kvantitativ bakgrund och masterexamen inom datavetenskap, fysik, matematik, teknik, bioinformatik eller närliggande områden. Sökande ska ha gedigen erfarenhet av maskininlärning och vetenskaplig programmering. Erfarenhet av djupinlärning och generativ AI är mycket meriterande. Ett genuint intresse för biologi och tvärvetenskaplig forskning är avgörande.

Den utvalda kandidaten kommer att ingå i en interdisciplinär och dynamisk forskningsmiljö bestående främst av fysiker, ingenjörer, biokemister och beräkningsforskare. CMCB-laboratoriet utvecklar avancerade beräknings- och AI-drivna metoder för att extrahera biologisk information från mikroskopi och multimodala dataset. Nuvarande forskningsinriktningar i gruppen inkluderar reinforcement learning för läkemedelsdesign, interpretable AI-pipelines för studier av cancer och autoimmunitet samt generativa modeller och grafneuronnätverk för biologisk avbildning.

Laboratoriet är beläget vid SciLifeLab i Stockholm (campus Solna), ett av Europas ledande centrum för datadriven livsvetenskap och biomedicinsk forskning. SciLifeLab erbjuder en unik internationell och samarbetsorienterad forskningsmiljö i gränslandet mellan AI, teknik och livsvetenskap, med tillgång till världsledande infrastruktur, interdisciplinära samarbeten och avancerade experimentella plattformar.

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörighetskraven måste vara uppfyllda vid den tidpunkt då den sökande antas till forskarutbildningen vid Institutionen för biokemi och biofysik.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 hp, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 hp samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Urval

Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga.

Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av biträdande universitetslektor, Juliette Griffié, juliette.griffie@dbb.su.se.

Allmän information angående forskarutbildningen kan fås från professor och studierektor Andreas Barth, andreas.barth@dbb.su.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.