Doktorand i bioinformatik

Institutionen för biokemi och biofysik
SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten.

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet.

Mer information om oss finns på: Institutionen för biokemi och biofysik.

Forskarutbildningsämne

Dina studier på forskarnivå inom bioinformatik kommer att bedrivas inom projektet "Deep Learning for protein structure prediction".

Proteiners struktur är viktigt för att förstå deras funktion samt för att utveckla läkemedel. Nyligen utvecklades en djupinlärningsmetod som kan förutsäga strukturen hos de flesta proteiner. Proteiner fungerar dock ofta inte ensamma – utan genom interaktioner med andra proteiner. Därför är nästa stora utmaning att använda dessa typer av metoder för att förutsäga strukturen hos proteinkomplex. Preliminär studier från oss har visat att det är möjligt att förutsäga korrekta strukturer av en stor del av dimera proteiner med antingen en modifierad version av AlphaFold2 eller AlphaFold-multimer. Men det finns fortfarande många proteiner som inte kan förutsägas exakt, och vi kan inte heller alltid skilja interagerande från icke-interagerande proteinpar och bygga stora komplex exakt är fortfarande svårt. I detta projekt rekryterar vi en ytterligare doktorand som kommer att arbeta tillsammans med att dra nytta av de senaste framstegen inom maskininlärning för att bygga bättre djupinlärningsmodeller för att förutsäga protein-proteininteraktioner och för att tillämpa dessa metoder för att biologiskt relevanta problem.

Vårt forskningslaboratorium ligger på Science for Life vid Karolinska Institutet. Vi har arbetat med förutsägelser om proteinstruktur i mer än två decennier. Vi har arbetat med olika tekniker, både med hjälp av maskininlärning och andra beräkningstekniker. Några av våra viktigaste bidrag för detta arbete är de metoder han har utvecklat för att identifiera kvaliteten på proteinmodeller, Pcons och olika versioner av ProQ. Gruppen består för närvarande av 5 doktorander en senior forskare, och två postdoktorer.

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörigheten ska vara uppfylld senast sista ansökningsdag.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 hp, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 hp samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Urval

Urval bland de sökande görs med hänsyn till förmågan att tillgodogöra sig utbildning på forskarnivå. Kriterier som används för att bedöma denna förmåga är:

dokumenterade ämneskunskaper med relevans för forskningsområdet
analytiskt och kreativt tänkande
egen initiativförmåga
självständighet
samarbetsförmåga
förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på såväl svenska som engelska.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av professor Arne Elofsson, arne.elofsson@dbb.su.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!