Forskningsassistent

Kristoffer Sahlins grupp, en del av Matematiska institutionen, söker en forskningsassistent för algoritmutveckling av sekvenseringsdata. Våra forskningsintressen spänner algoritmutveckling och analys av sekvensdata. Vi har pågående projekt kring metodutveckling för snabb sekvenskartläggning och sekvenslikhetssökningar, olika beräkningsproblem inom transkriptomisk analys och samarbetsprojekt i genomik och metagenomik. Vi finns på Science for Life Laboratory i Stockholm.

För mer information om oss, besök gärna: www.su.se/english/profiles/krsa3529-1.475542

Arbetsuppgifter

Dina arbetsuppgifter kommer att bestå av algoritmutveckling och programmering i ett lågnivåspråk som C++, eller Rust. Du kommer även att genomföra beräkningsexperiment, dataanalys och skriva en rapport om studien. Kort information om projektet följer nedan.

DNA och RNA spelar en viktig roll för att bestämma tillståndet hos celler och vävnader och innehåller därför viktig information för att studera sjukdomar, egenskaper och evolution. Vi kan nu generera storskaliga DNA- och RNA-sekvenseringsdata till låg kostnad. Beräkningsmetoderna för att extrahera information från data kan dock förbättras vad gäller noggrannhet, körtid och minnesanvändning i många applikationer. Vi har tidigare publicerat ett verktyg, strobealign, för snabb kartläggning av sekvensdata. Strobealign tillämpar en seed-filter-extend-metod. Ett nyckelsteg i kartläggning av sekvensdata är seedningssteget. Forskningsassistenten kommer att undersöka alternativa metoder för seed- och filtreringsstegen i strobealign.

Kvalifikationer

Vi söker dig som har utbildning i Datavetenskap med fokus på algoritmer och datastrukturer. Det är fördelaktigt om du har utvecklat effektiva algoritmer för att analysera stora mängder sekvenseringsdata. 

Den ideala kandidaten har:

• Starka kunskaper i C++ eller Rust
• Erfarenhet av implementering av algoritmer för sekvensanalys
• Erfarenhet av att analysera sekvenseringsdata
• God kommunikationsförmåga

Om anställningen

Anställningen avser heltid och är tidsbegränsat till sex månader. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning. Den sökande bör börja våren 2025, med preferens för Mars 2025.

Vi erbjuder

Hos oss får du dynamiken i samspelet mellan högre utbildning och forskning som gör Stockholms universitet till en spännande och kreativ miljö. Du arbetar i en internationell miljö och får förmånliga villkor. Universitetet ligger beläget i Nationalstadsparken med goda förbindelser till city.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av Kristoffer Sahlin, ksahlin@math.su.se.

Ansökan

Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.