Doktorand i bioinformatik

Institutionen för biokemi och biofysik. SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med  avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten. 

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet. 

Mer information om oss finns på: Institutionen för biokemi och biofysik.

Projektbeskrivning

Projekttitel: "Biology-informed Robust AI Methods for Inferring Complex Gene Regulatory Networks".

Projektet omfattar flera utmaningar inom området för genreglerande nätverk (GRN), från simulering av realistiska nätverk och data till noggrann inferens av GRN från brusiga genuttrycksdata.

Studenten kommer att arbeta i en grupp som hanterar alla dessa utmaningar genom att utveckla nya AI-baserade metoder för att förbättra den biologiska realismen i simuleringar, vilket kommer att leda till mer exakt härledda GRN från verkliga data. Projektet kommer att utveckla grundläggande teori och verktyg som är avgörande för att förstå biologiska mekanismer som orsakar sjukdomar på grund av genregleringsstörningar, såsom cancer.

Kärnan i projektet är ett digitalt biologiskt system för att generera annoterade data med hjälp av biologiskt informerade djupa neurala nätverk (DNN) och generativ AI (GenAI). Målen kommer att uppnås genom att kombinera metoder och tekniker från olika forskningsområden: (a) biologisk kunskap om GRN från bioinformatik och systembiologi, (b) grafteori och topologisk dataanalys för nätverksmodellering från matematik, och (c) robust maskininlärning (ML) och generativ AI från AI/ML.

Den unika tvärvetenskapliga kombinationen möjliggör: (i) infusion av biologisk förhandskunskap för GRN-modellering och utveckling av GenAI-metoder för att generera GRN, (ii) generering av simulerade genuttrycksdata med hjälp av biologiskt informerad GenAI, och (iii) robust inlärning av DNN-baserade GRN-inferensmetoder genom att använda en kombination av verkliga och simulerade genuttrycksdata i semi-supervised inlärning.

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörigheten ska vara uppfylld senast sista ansökningsdag.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Särskild behörighet för att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 hp, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 hp samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Urval

Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga.

Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer.

Omfattande erfarenhet av Python, Matlab och R, och goda UNIX-kunskaper är viktiga färdigheter, liksom förtrogenhet med tekniker för analys av biologiska omics-data.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av professor Erik Sonnhammer, erik.sonnhammer@scilifelab.se.

Allmän information angående forskarutbildningen kan fås från professor och studierektor Andreas Barth, andreas.barth@dbb.su.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.