Doktorand (DDLS) i Miljö-RNA-biologi

Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut (MBW) bedriver experimentell grundforskning inom molekylär cellbiologi, intergrativbiologi och infektions- och immunbiologi. Forskningsmiljön präglas av en modern och avancerad metodik och har en stark internationell profil. MBW är en av de större institutionerna inom Naturvetenskapliga fakulteten vid Stockhoms universitet med drygt 30 forskningsgrupper och ca 200 anställda, varav cirka 60 är doktorander. Läs mer om MBW på Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut (MBW).

Data-driven life science (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS) syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av data-drivna livsvetenskapsforskare och att skapa världsledande beräknings- och datavetenskapliga kapaciteter i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,7 miljarder SEK (cirka 290 MUSD) över 12 år från Knut och Alice Wallenbergs (KAW) stiftelse.

År 2025 kommer DDLS forskarskola att utökas med rekrytering av 19 akademiska och 7 industriella doktorander. Under DDLS-programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: cell- och molekylärbiologi, evolution och biodiversitet, precisionsmedicin och diagnostik, epidemiologi och infektionsbiologi. För mer information, se www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/.

Data-driven evolution och biodiversitet handlar om forskning som utnyttjar de massiva datamängder som erbjuds av tekniker såsom högkapacitetssekvensering av genom och biomer, kontinuerlig inspelning av video och ljud i naturen, högkapacitetsavbildning av biologiska prover och storskalig fjärrövervakning av organismer eller livsmiljöer.

Framtiden för livsvetenskap är data-driven. Vill du vara en del av den förändringen? Då är du välkommen att delta i detta unika program!

Projektbeskrivning

Denna doktorandposition är i forskargruppen ledd av docent Marc Friedländer - en del av MBW-institutet och belägen vid SciLifeLab. Gruppen söker svar på grundläggande frågor inom RNA-biologi genom kvantitativa metoder, inklusive nästa generations sekvensering och beräkningsbiologi. Vår grupp har nyligen börjat studera RNA-spår i miljöprover, inklusive mat, luft och utdöda och forntida djur som den tasmanska tigern och mammuten.

Projektet kretsar kring utvecklingen av Traident – en ny metod för att fastställa ursprunget och sammansättningen av komplexa RNA-sekvensdata. Detta kommer att utöka Kraken2 med analyser av ribosomalt RNA och mikroRNA, och tillämpa deep learning för att integrera analysflödena. Doktoranden kommer att utveckla metoden och tillämpa den på många interna prover av miljösekvenser, vilket driver gränserna för RNA-biologi. Studenten kommer att arbeta nära med forskare inom både våtlabb och torr-labb i vårt team. Labbsida: www.friedlanderlab.org.

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörigheten ska vara uppfylld senast sista ansökningsdag.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Särskild behörighet beskrivs i den allmänna studieplanen för forskarutbildning inom molekylärbiovetenskaper att sökande måste ha en avslutad universitetsutbildning på avancerad nivå eller minst 240 högskolepoäng (hp) från universitet, inklusive minst 120 hp på kandidatnivå i molekylärbiologi, biologi, kemi eller liknande ämne. Kandidater bör ha framgångsrikt genomfört kurser på avancerad nivå inom molekylärbiovetenskaper eller motsvarande ämne (minst 60 hp), varav minst 30 hp representerar självständigt forskningsprojektarbete. Kandidater som har andra dokumenterade kvalifikationer, erhållna i Sverige eller annorstädes, som bedöms ge motsvarande kunskaper är också behöriga.

Urval

Urval bland de sökande görs med hänsyn till förmågan att tillgodogöra sig utbildning på forskarnivå. Kriterier som används för att bedöma denna förmåga är:

• kandidaten måste ha goda programmerings/skriptkunskaper
• tidigare erfarenhet av nästa generations sekvenseringsdata, deep learning eller RNA-biologi är fördelaktigt, men inte ett krav
• analytiskt och kreativt tänkande
• egen initiativförmåga
• självständighet
• samarbetsförmåga
• förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på engelska.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av Docent Marc Friedländer, tfn 073-71 21558, marc.friedlander@scilifelab.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.