Doktorand i Beräkningsmatematik

Matematiska institutionen vid Stockholms universitet har med sin långa tradition av excellent forskning en framträdande plats i skandinavisk matematik. Institutionen består av tre avdelningar: Matematik, Matematisk statistik och Beräkningsmatematik. Forskningen vid Avdelningen för beräkningsmatematik omfattar många olika områden inom numerisk analys, symboliska beräkningar, datavetenskap, beräkningsbiologi och beräkningsstatistik. Mer information om oss finns på: Matematiska institutionen.

Projektbeskrivning

Vi söker en doktorand för följande projekt:​

Beräkningsmetoder för detektion av komplexa strukturella varianter med hjälp av sekvenseringsdata

Huvudhandledare: Kristoffer Sahlin, ksahlin@math.su.se.
Bihandledare: Adam Ameur, adam.ameur@igp.uu.se.​

Vid Matematiska institutionen vid Stockholms universitet utlyser vi en doktorandplats inom data-drivna cell- och molekylärbiologi. Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som fundamentalt förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att utforska deras molekylära komponenter i tid och rum, från enstaka molekyler till naturliga vävnadsmiljöer. Projektet syftar till att designa data-drivna algoritmer för att upptäcka komplexa strukturella varianter hos människor med hjälp av långa DNA-sekvenseringsläsningar.​

En strukturell variant (SV) är en storskalig förändring i genomet som innebär omarrangerade, raderade eller insatta DNA-segment i förhållande till referensgenomet. En kombination av SV-händelser i en genomisk region kännetecknar en komplex SV. Komplexa SV:er spelar en viktig roll i många sjukdomar. De data som används för att upptäcka och undersöka SV:er är helgenomsekvenseringsläsningar (eller helt enkelt läsningar). Läsningar som kartlägger över och runt variationsställen kan användas för att klassificera SV:n. Tidigare sekvenseringstekniker producerade ofta relativt korta läsningar, vilket gjorde det omöjligt för läsningar att spänna över stora och komplexa SV:er. Dock erbjuder de senaste framstegen inom långläsningssekvenseringstekniker nu potentialen för en billig och kraftfull metod för att förstå komplexa genomiska förändringar. Medan sekvenseringstekniker har gjort stora framsteg, krävs fortfarande arbete på den beräkningsmässiga sidan för att fullt ut utnyttja teknologin.​

Detta är ett tvärvetenskapligt projekt. Projektet rör algoritmdesign, implementering av algoritmer samt analys av simulerade och biologiska data. Studenten förväntas lära sig relevant molekylärbiologi för att effektivt kunna samarbeta i det tvärvetenskapliga projektet. Vi söker kandidater med en stark bakgrund inom datavetenskap, matematik, statistik eller bioinformatik och starka programmeringskunskaper. Viss tidigare kunskap eller erfarenhet av att arbeta med biologiska sekvenseringsdata är fördelaktigt men inte nödvändigt. Tveka inte att kontakta mig via e-post om du har några frågor när du förbereder din ansökan.​

Allmän beskrivning av DDLS programmet

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,7 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse. 

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/ .

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss?

Nyckelord: Bioinformatik, beräkningsbiologi, algoritmer, datastrukturer, sekvenseringsdata​

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörigheten ska vara uppfylld senast sista ansökningsdag.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För att uppfylla särskild behörighet föreskrivs i den allmänna kursplanen för forskarstudier inom området beräkningsmatematik att sökande ska ha genomgått kurser motsvarande minst 60 hp i ett matematiskt ämne och minst 30 hp i antingen numerisk analys eller datavetenskap.

Urval

Urvalet bland de behöriga kandidaterna kommer att baseras på deras förmåga att dra nytta av utbildningen. Följande kriterier kommer att användas för att bedöma denna kapacitet: kandidaternas dokumenterade kunskaper inom det relevanta forskningsfältet, skriftliga och muntliga kunskaper i engelska, förmågan till analytiskt tänkande, förmågan att samarbeta, samt kreativitet, initiativförmåga och självständighet. Bedömningen kommer att baseras på tidigare studier och betyg, kvaliteten på examensarbeten, referenser, relevant erfarenhet, kandidatens skriftliga motivering för att söka doktorandplatsen och, för utvalda sökande, intervjuer. Observera att sökande kan kallas till intervju med kort varsel. Preliminärt kommer intervjuer att hållas runt mitten av maj.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av rektor för forskarutbildning, Chun-Biu Li, cbli@math.su.se, eller avdelningschef Lars Arvestad, arve@math.su.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.