Doktorand i bioinformatik

Institutionen för biokemi och biofysik
SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten. 

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet.

Mer information om oss finns på: Institutionen för biokemi och biofysik.

Projektbeskrivning 

Dina studier på forskarnivå inom bioinformatik kommer att bedrivas inom projektet "Datadriven forskning om proteiners strukturella evolution".

Datadriven evolution och biodiversitet handlar om att använd massiva datamängder från tekniker såsom sekvensering av genom och biom, kontinuerliga studier av video och ljud från vilda miljöer, snabb bildigenkänning av biologiska entiteter och storskalig övervakning av organismer och habitat.

Proteindomäner utvecklas genom sekvensdivergens, strukturella förändringar, duplikationer och rekombination. I tidigare arbeten har vi visat att strukturell divergens ofta följer sekvensdivergens på ett ungefär linjärt sätt. Samtidigt kan betydande strukturella omorganisationer uppstå inom bevarade domäner – särskilt i transportörfamiljer – samt genom domänrekombinationer som ger upphov till nya multidomänarkitekturer.

De flesta domänarkitekturer uppstår genom addition eller borttagning av domäner i N- eller C-terminala regioner, medan repetitiva domänfamiljer ofta expanderar genom interna duplikationer. Vi har dessutom visat att eukaryota proteiner innehåller betydligt fler oordnade regioner och länksekvenser än prokaryota proteiner, och att dessa regioner expanderar snabbare än globulära domäner. Trots dessa framsteg har de flesta storskaliga fylogenetiska analyser – inklusive våra egna – huvudsakligen baserats på aminosyrasekvenser.

Den senaste tillgången till högkvalitativa strukturmodeller från AlphaFold möjliggör nu en systematisk integration av strukturell information i evolutionära analyser på proteomskala.

I detta projekt kommer vi att:

• Kvantifiera strukturell divergens inom domäner över olika evolutionära avstånd med hjälp av djupinlärningsbaserade strukturella representationer och likhetsmått.
• Karaktärisera uppkomsten av nya domänarkitekturer, och identifiera strukturella begränsningar samt evolutionära mekanismer som formar multidomänproteiner.
• Undersöka linjespecifika expansionsmönster, inklusive rollen av oordnade regioner, länksekvenser och repetitiva expansioner i strukturell innovation.

Projektet kombinerar storskaliga strukturdataset, avancerade djupinlärningsmodeller och komparativ genomik för att återbesöka och väsentligt vidareutveckla tidigare evolutionära analyser. Målet är att etablera ett strukturellt ramverk för att förstå hur evolutionära mekanismer och selektionstryck formar proteiners arkitektur över livets träd.

Arbetet förväntas ge grundläggande insikter i de principer som styr proteiners strukturella diversifiering och framväxten av nya arkitekturer.

Forskningsmiljö

Science for Life Laboratory (SciLifeLab) erbjuder en internationellt ledande miljö för datadriven livsvetenskap. Elofsson-gruppen har arbetat med proteinstrukturprediktion och proteinevolution i över två decennier och har utvecklat flera centrala metoder för kvalitetsbedömning av strukturmodeller, däribland Pcons och flera versioner av ProQ.

Forskargruppen består i dag av fem doktorander, en postdoktor och en senior forskare, och samarbetar nära med både beräkningsinriktade och experimentella forskargrupper vid SciLifeLab samt internationellt.

En av anställningarna kommer att vara knuten till DDLS Research School (Data-Driven Life Science), som erbjuder en strukturerad forskarutbildning med fokus på data science, maskininlärning och tvärvetenskapligt samarbete.

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer – från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generation datadrivna livsvetare samt att skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,3 miljarder SEK över 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse (KAW).

Under 2026 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 25 akademiska och 7 industriella doktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska områden: cell- och molekylärbiologi, evolution och biodiversitet. precisionsmedicin och diagnostik samt epidemiologi och infektionsbiologi- För mer information, se:
https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Vill du vara en del av den förändringen? Då är du välkommen att delta i detta unika program!

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörighetskraven måste vara uppfyllda vid den tidpunkt då den sökande antas till forskarutbildningen vid Institutionen för biokemi och biofysik.

Grundläggande behörighet har du om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 hp, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 hp samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Urval

Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga. Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av professor Arne Elofsson, arne.elofsson@dbb.su.se.

Allmän information angående forskarutbildningen kan fås från studierektor Andreas Barth, andreas.barth@dbb.su.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.