Doktorand i biofysik

Institutionen för biokemi och biofysik. SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten.

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet. För mer information om vår verksamhet, se vår webbplats: Institutionen för biokemi och biofysik.

Projektbeskrivning

Dina studier på forskarnivå inom biofysik kommer att bedrivas inom projektet "Beräkningsbiofysik och AI-driven modellering av membranproteiner".

Vi rekryterar en doktorand till ett beräkningsprojekt som syftar till att kartlägga den funktionella dynamiken och neuromoduleringen hos membranproteiner, med särskilt fokus på kryo-EM-data. Även om kryo-EM och AlphaFold har revolutionerat strukturprediktion, kvarstår det som en enorm utmaning att förklara biologiska processer som är beroende av konformationsövergångar, dynamik på millisekundnivå och komplexa membranmiljöer.

Detta projekt fokuserar på AI-baserad modellering och molekyldynamiksimuleringar av pentamera ligandstyrda jonkanaler (pLGIC) och andra kritiska membranproteiner. Ett centralt mål för ditt doktorandprojekt kommer att vara att utveckla nya simuleringsbaserade inferensmetoder för att bestämma strukturer från små, heterogena subpopulationer i kryo-EM-mikrografier, samt att utveckla nya metoder för att tolka brusiga kryo-EM-data avseende provheterogenitet, konformationsövergångar, allosterisk modulering och lipidinteraktioner. I stället för att enbart förlita dig på rekonstruerade densiteter kommer du att ta fram tillvägagångssätt för att anpassa rörelser direkt till experimentella mikrografier, genom att använda latenta rum inom maskininlärning som representationer för rörelse.

Du kommer även att samarbeta i stor utsträckning med strukturbiologer och beräkningsgrupper för att träna nya AI-nätverk som kan förutsäga konformationsövergångar, dynamik och funktionella egenskaper direkt från strukturdata. Genom att integrera kryo-EM/ET-data med molekylära simuleringar och djupinlärning kommer ditt arbete att bidra till att generera robusta konformationsensembler. Det slutgiltiga målet är att ta fram mekanistiska modeller som förklarar hur specifika funktionella tillstånd stabiliseras av olika subenhetssammansättningar, allosteriska modulatorer och lipider.

Vi förväntar oss att framgångsrika kandidater har en mycket stark profil inom beräkningsarbete, inklusive erfarenhet av beräkningsmetoder såsom bioinformatik, molekylmodellering, simuleringar eller AI.

Du kommer att arbeta i ett tvärvetenskapligt team på Science for Life Laboratory i Stockholm som drivs av stora biologiska utmaningar, och med goda möjligheter att utforska nya forskningsriktningar både på den experimentella och beräkningsmässiga sidan i samarbete med de strategiska forskningsprogrammen DDLS och WASP.

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörighetskraven måste vara uppfyllda vid den tidpunkt då den sökande antas till forskarutbildningen vid Institutionen för biokemi och biofysik.

Grundläggande behörighet har du om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i biofysik krävs, att den sökande med godkänt resultat fullgjort kurser om 90 högskolepoäng på grundläggande nivå i fysik eller kemi samt kurser på avancerad nivå inom biofysik, biokemi och/eller fysikalisk kemi, så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås, varav ett självständigt arbete om 30 hp i något av ämnesområdena ska ingå. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Urval

Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga. Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av professor Erik Lindahl, erik.lindahl@dbb.su.se.

Allmän information angående forskarutbildningen kan fås från studierektor Andreas Barth, andreas.barth@dbb.su.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.