Bioinformatiker inom In Situ-sekvensering

Institutionen för biokemi och biofysik. SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten. 
För mer information om infrastrukturen, besök: www.scilifelab.se/facilities/in-situ-sequencing/.

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet. För mer information om vår verksamhet, se vår webbplats: www.dbb.su.se.

Arbetsuppgifter

Vi söker en motiverad och skicklig bioinformatiker till vårt bioinformatikteam för spatial biologi vid SciLifeLab. Vårt team fokuserar på att integrera spatiala data från flera modaliteter, inklusive transkript, proteiner och metaboliter, i samma vävnad. Denna tjänst betonar analys, hantering och integrering av spatiala transkriptomikdata genererade med avancerade avbildningsbaserade teknologier.

Huvudsakliga arbetsuppgifter

• Utföra djupgående analyser av komplexa spatiala transkriptomik-/In situ-sekvenseringsdataset med etablerade beräkningsramverk.
• Säkerställa att datahantering följer FAIR-principerna (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), inklusive metadata-annotering och lösningar för långtidslagring.
• Ge expertstöd till forskare i alla datarelaterade aspekter, från experimentell design till analys och tolkning.
• Bidra till utvecklingen av integrativa, multimodala analysflöden för spatiala omics-dataset.
• Utforma och implementera nya analytiska metoder och interaktiva visualiseringar anpassade för högdimensionella multimodala spatiala data.

Kvalifikationer

Krav

• Doktorsexamen (eller magisterexamen med omfattande erfarenhet) i bioinformatik, beräkningsbiologi, systembiologi eller närliggande område.
• Goda kunskaper i Python och R, med erfarenhet av analys av spatiala transkriptomikdata och visualisering av högdimensionella data.
• Dokumenterad erfarenhet av att bygga och underhålla reproducerbara och modulära dataanalysarbetsflöden.
• Gedigen förståelse för statistiska metoder och deras tillämpning på transkriptomik- och bildhärledda data.
• Bekantskap med publika biologiska datarepositorier, metadata-standarder och bästa praxis inom öppen vetenskap.
• Samarbetsinriktad inställning, med förmåga att arbeta i tvärvetenskapliga team och kommunicera effektivt med både beräknings- och experimentforskare

Meriterande

• Erfarenhet av avbildningsteknologier (t.ex. Xenium, MERFISH, seqFISH) och tillhörande dataformat.
• Bekantskap med molnbaserade beräkningsmiljöer eller högpresterande beräkningskluster.
• Kunskap om vävnadssegmentering, spatial registrering eller histologibaserad datajustering

Personliga egenskaper
Vi tror att framgång i denna roll kräver nyfikenhet på biologiska frågeställningar och entusiasm för att lära sig nya bioinformatiska verktyg och metoder. Du trivs med att arbeta i team och har ett strukturerat och kvalitetsfokuserat arbetssätt. God kommunikativ förmåga, både muntlig och skriftlig, är avgörande. Vi fäster stor vikt vid personliga egenskaper.

Om anställningen

Anställningen gäller tills vidare på heltid med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning. Tillträde sker snarast möjligt.

Vi erbjuder

Hos oss får du dynamiken i samspelet mellan högre utbildning och forskning som gör Stockholms universitet till en spännande och kreativ miljö. Du arbetar i en internationell miljö och får förmånliga villkor.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av : Katarina Tiklova, katarina.tiklova@scilifelab.se, eller Chika Yokota chika.yokota@scilifelab.se.

Ansökan

Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.