Doktorand i bioinformatik

Institutionen för biokemi och biofysik. SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med  avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten. 

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet.

Mer information om oss finns på: Institutionen för biokemi och biofysik.

Projektbeskrivning

Dina studier på forskarnivå inom bioinformatik kommer att bedrivas inom projektet "Maskininlärning för bioinformatikapplikationer".

Avhandlingsarbetet kommer att bedrivas inom ramen för detta projekt, Den utvalda doktoranden kommer att utforska hur strategier för maskininlärning (ML) inklusive tolkningsbar ML och generativ AI kan skräddarsys för att studera komplexa biologiska processer. Detta projekt kombinerar aktuella analytiska utmaningar med djupt rotade tillämpningar inom biovetenskap, med fokus på att karakterisera hur underliggande DNA-sekvens påverkar genomiska processer från banbrytande parade datamängder (mikroskopi kombinerat med DNA-sekvensering). Vi söker en doktorand med masterexamen i antingen teknik/datavetenskap/fysik/matematik. Erfarenhet av ML-implementering är ett krav, tolkbar ML och/eller generativ AI är meriterande.

Den utvalda doktoranden kommer att ansluta sig till labbet Computational Microscopy for Cell Biology (CMCB) som leds av Dr J. Griffié, som huvudsakligen består av ingenjörer, fysiker och matematiker. Labbet är baserat på SciLifeLab i Stockholm, ett levande och dynamiskt vetenskapsnav, med särskilt fokus på multidisciplinär forskning. CMCB-laboratoriet syftar mer specifikt till att utveckla banbrytande data-/bildanalys samt modelleringsstrategier för att svara på grundläggande biologiska frågor med avancerad ljusmikroskopidata. Labbets forskningsomfattning sträcker sig från förstärkningsinlärning för läkemedelsdesign, tolkningsbara ML-pipelines för cancerforskning och diagnostik och grafiska neurala nätverk för mikroskopi.

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörighetskraven måste vara uppfyllda vid den tidpunkt då den sökande antas till forskarutbildningen vid Institutionen för biokemi och biofysik.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 hp, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 hp samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Urval

Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga.

Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet.

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av projektledare, Juliette Griffié, juliette.griffie@dbb.su.se.

Allmän information angående forskarutbildningen kan fås från professor och studierektor Andreas Barth, andreas.barth@dbb.su.se.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.